اهداف تصفیه فاضلاب به شرح زیر می باشند:
الف- تأمین شرایط بهداشتی برای زندگی مردم
فاضلاب شهری همیشه دارای میکروب های گوناگونی هستند که قسمتی از آن ها را میکروب های بیماری زا تشکیل می دهند. ورود فاضلاب شهری و صنعتی تصفیه نشده به محیط زیست و منبع های طبیعی آب، چه آن هایی که روی زمین و چه آن هایی که در زیر زمین قرار دارند، موجب آلوده شدن این منابع به میکروب های بیماری زا می شوند و بر اثر تماس انسان با این منبع ها خطر گسترش بیماری ها میان مردم به وجود می آید.
ب- پاک نگهداری محیط زیست
وارد کردن فاضلاب تصفیه نشده به محیط زیست موجب آلودگی این محیط شده که بجز خطرهای مستقیمی که برای بهداشت مردم دارد، نتایجی دیگر از قبیل مشکلات زیبایی شناختی، بوهای ناخوشایند و سرانجام تولید حشرات، خود وسیله ای برای جا به جا شدن میکروب های بیماری زا و آلوده سازی محیط زیست هستند.
ج- بازیابی فاضلاب
امروزه در تصفیه خانه های فاضلاب بازیابی های گوناگونی از فاضلاب انجام می گیرد که مهم ترین آن ها به قرار زیر هستند:
- کاربرد دوباره فاضلاب- با توجه به اینکه مقدار نمک های معدنی محلول در فاضلاب به مراتب کمتر از آب دریاهای آزاد است و فاضلاب جزو آب های شیرین ولی آلوده به حساب می آید، کاربرد دوباره ی فاضلاب تصفیه شده به جای آب شیرین برای آبیاری کشاورزی و فضاهای سبز حواشی شهر ها به مراتب ارزان تر از شیرین سازی آب دریاهای شور است.
- تولید کود طبیعی– لجنی که از تصفیه ی بیولوژیکی فاضلاب به دست می آید، دارای مقدار زیادی از ترکیبات شیمیایی نظیر نیترات ها، سولفات ها و فسفات ها است، که ارزش غذایی برای رشد گیاهان دارند. برای افزایش پوکی و قابلیت جذب این لجن آن را در یک سلسله کارهایی با کودهای گیاهی که از باقی مانده ی برگ و ساقه ی درختان تشکیل شده اند به هم آمیخته و مدتی به حالت خود می گذارند و سپس به صورت کود طبیعی به کار می برند. در برخی از تصفیه خانه ها بزرگ، لجن را با کودهای حیوانی مانند فضولات احشام و یا پس مانده ی مواد خوراکی به دست آمده از رستوران ها مخلوط می کنند. چون این مخلوط مقدار زیادی مواد فاسد شدنی در بر دارد، آن را در انبارهای ویژه ای قرار می دهند تا مدتی در گرمای انبار و تأثیر باکتری های بی هوازی هضم شده و سپس برای کاربرد آن به عنوان کود طبیعی به کار روند. در محل هایی که فضولات حیوانی فراوانی وجود دارد، برای جلوگیری از آلودگی آب های زیرزمینی از یک سو و تولید کود طبیعی از سوی دیگر، با جمع آوری فضولات حیوانات از این روش استفاده می شود.
- تولید انرژی– نزدیک به 70 درصد گازهای تولید شده در انبارهای هضم لجن را گاز متان تشکیل می دهد که ارزش سوختی آن در حدود ارزش سوختی گاز طبیعی در شبکه ی شهری است. در تصفیه خانه ها می توان با سوزاندن آن و گرم کردن دیگ های بخار، گرمای مورد نیاز واحدهای تصفیه خانه فاضلاب را برآورده کرد. حتی در تصفیه خانه های بزرگ این گاز را جمع آوری کرده و با استفاده از توربین های گازی، ژنراتورهای برقی را به حرکت درآورده و تولید برق می کنند.